一、项目概况
孔子研究院坐落于孔子故里山东曲阜，是唯一经国务院（国办函〔1996〕66号）批准设立的儒学研究专门机构，由两院院士吴良镛教授主持设计，清华大学建筑学院与清华大学建筑设计研究院共同承担规划设计。研究院选址在曲阜孔庙以南的“新儒学文化区”内，东邻“论语碑苑”，与孔庙、孔府、孔林“三孔”遥相呼应，是一座以儒学研究、展示与交流为核心功能的现代文化建筑群。
根据中国建筑学会公布的资料，孔子研究院规划用地9.5公顷，总建筑面积约2万平方米，建筑群包括博物馆、图书馆、学术会堂、研究所和管理部门等。工程分期实施：首期工程于1996年至1998年设计、1999年竣工；二、三期工程于2005年至2007年设计，二期于2007年、三期于2009年相继建成。主体建筑4层，总高28.6米。设计从一开始就不把它当作一座普通的公共建筑对待，而是置于曲阜城市整体与儒学文化传统的双重坐标中加以经营。
二、选址与“十字花瓣”城市设计
孔子研究院的设计始于对曲阜城市的研究。吴良镛提出“从城市设计角度研究建筑设计”，结合明代曲阜的城市结构，提出了曲阜新城“十字花瓣”的布局模式：北部为“三孔”等历史文化区，东部为工业区，西部为文教区，南部为新区；花瓣中央则集中布置孔子研究院、论语碑苑以及拟建的博物院和书画院，形成城市的“新儒学文化区”，时称“四院”，与“三孔”新旧辉映。
在这一城市结构中，孔子研究院既是南北历史文化轴线上的重要节点，本身又是一座自成体系的“城中之城”。设计者没有孤立地推敲单栋建筑，而是先研究礼制建筑与书院形制的文化内涵，确定建筑群在城市中的方位、朝向与轴线关系，再由总体布局延伸到单体造型与园林细节，使建筑、城市与园林在同一组构图母题下展开。
三、“抽象继承”与高台明堂
吴良镛曾这样说明设计的出发点：孔子研究院是“特殊地点（孔子家乡）的特殊功能建筑（以研究和发挥儒学文化为内容）”，它必须是一座现代建筑，又具备中国文化的内涵。设计团队探讨战国建筑文化与书院沿革形制，从构图、布局、造型到装饰纹样逐一推敲，用中西建筑技巧作现代的形象表达，他将期望中的整体氛围概括为一种“欢乐的圣地感”。这种对传统不是照搬形式、而是提取文化意象的做法，被称为“抽象继承”。
建筑群的总体布局采用“九宫格”形式，建筑造型则以战国铜壶、汉画像砖及汉代明器所体现的“高台明堂”形象为设计母题：图书阅览室、书库、文物库等布置在一层大平台上，构成建筑群宽阔的台基；博物馆吸取“明堂”的意象立于高台之上，平面方圆结合，以喻“立辟雍，行礼乐，宣德化”。主体建筑覆以重檐灰瓦大屋顶，正脊两端饰有相向的凤鸟，正与《论语·子罕》“凤鸟不至，河不出图”的典意相呼应，素色台基、柱廊与深色屋面共同烘托出庄重而明朗的气象。
四、辟雍广场与山水园林
辟雍广场处于主体建筑南北轴线与报告厅东西轴线的交汇处，由主体建筑、报告厅、东门、长廊及牌坊围合，面积近1万平方米，是孔子研究院举行集会和重大典礼的场所，也是“九宫格”总平面的中心一格。广场取古代辟雍“方圆结合、环之以水”的基本形制，“会其意而象其形”：中心设四个水池，以辟雍和“亞”字四出形为原型；地面铺装呈十字玉形，取《周礼·春官·大宗伯》“以玉作六器，以礼天地四方”之意，东西南北四个出口分别嵌有象征青圭、赤璋、白琥、玄璜的石材纹样。广场正中心是三层台阶、每层三级的方形高台，台心以花岗岩铺成璧形以象征天，圆外台阶用黄色石料以象征地，整体寓意天圆地方。
园林设计取“知者乐水，仁者乐山”之意，与建筑群同步经营：在建筑群西北部叠山，象征孔子诞生地尼山，山上立“仰止亭”，取《史记·孔子世家》“高山仰止，景行行止”之义；东北部则理水成景。山水之间回廊环绕，建筑的向心性与园林的自然意趣相互渗透，使整座研究院既是现代的学术机构，又是一处可游可思的礼乐园林。
五、建筑形制与空间营造
“高台明堂”不仅是造型母题，也是组织功能的基本方式。剖面图清晰地显示了高台基座、楼层与重檐屋顶之间的竖向关系：图书馆阅览室、书库、文物库等大体量空间被安放在一层平台之内，形成沉稳的“台基”；博物馆等主要厅堂高踞台上，层数不多而气势庄重，建筑总高控制在28.6米、地上4层，与周边传统建筑的尺度相协调。
高台的处理还暗含历史典故：燕昭王筑黄金台“招贤纳士”的故事被融入高台意象，使“礼贤下士”成为建筑空间的一层寓意。方圆母题贯穿从总平面到单体的各个尺度，方形台基、圆形构图与明堂式主体层层相套，再辅以现代结构、采光与设备手段，让上古的礼制空间获得当代的功能与表情。二、三期续建的学术报告厅、研究中心等延续了同一套形制逻辑与材料语言，使分期建成的建筑群保持为统一整体。
六、设计团队、荣誉与工程记录
据《建筑学报》2006年第9期记载，孔子研究院工程的建筑设计人员为吴良镛、卢连生、单军、张杰、朱育帆、王海、倪锋、张悦、王环宇、宋晔皓、黄鹤、贺卫平、宫力维；据《济宁日报》介绍，张锦秋、孟兆祯、王炜钰等专家也参与了设计。其中朱育帆于2000年主持研究院外环境（景观）设计，是景观分项负责人；尹思谨承担了2007年二期工程的室内设计。建筑、城市、园林三条线索由统一的设计思想贯通，是这件作品在组织方式上的突出特点。
2006年，山东曲阜孔子研究院工程获第四届中国建筑学会建筑创作奖优秀奖；2009年，入选中国建筑学会为新中国成立60周年组织评选的“建筑创作大奖”获奖项目。2011年，清华大学出版社出版专著《曲阜孔子研究院》，对这一工程的规划、建筑与园林设计作了系统记录。今天的孔子研究院既是研究与传播儒学的专门机构，也被视为中国当代建筑探索“现代建筑的中国文化内涵”的代表性作品之一。